LOXHD1 (lipoxygenase homology PLAT domains 1)

symbol:
LOXHD1
locus group:
protein-coding gene
location:
18q21.1
gene_family:
alias symbol:
FLJ32670|LH2D1
alias name:
None
entrez id:
125336
ensembl gene id:
ENSG00000167210
ucsc gene id:
uc010xcw.2
refseq accession:
NM_144612
hgnc_id:
HGNC:26521
approved reserved:
2004-04-30
18q21.1
基因染色体位置图

LOXHD1(Lipoxygenase Homology Domains 1)基因属于脂氧合酶同源结构域基因家族,该家族成员通常含有多个PLAT(Polycystin/Lipoxygenase/Alpha-Toxin)结构域,这些结构域在蛋白质相互作用和信号传导中发挥重要作用。LOXHD1基因编码的蛋白质主要在内耳毛细胞中表达,对听觉功能至关重要,其功能与机械电转导通道的组装和维持有关,确保声音信号能有效转换为神经信号。LOXHD1蛋白通过其多个PLAT结构域与其他蛋白质相互作用,参与毛细胞静纤毛的结构稳定性和功能调控。LOXHD1基因突变会导致常染色体隐性非综合征性耳聋(DFNB77),表现为进行性听力损失,突变可能破坏蛋白质的结构或功能,影响毛细胞的机械敏感性,最终导致听力障碍。LOXHD1过表达的研究较少,但推测可能干扰内耳毛细胞的正常功能平衡,影响听觉信号的精确传递;而降低表达或功能缺失则直接导致毛细胞功能障碍和听力损失。该基因与听觉系统的特异性关联使其成为遗传性耳聋的重要研究靶点,未来可能在基因治疗或听力恢复策略中具有潜在应用价值。脂氧合酶同源结构域基因家族的共性在于其成员多含有PLAT结构域,参与细胞膜相关功能,如信号转导、膜运输或细胞骨架调控,但各成员的具体功能和组织分布存在差异。

This gene encodes a highly conserved protein consisting entirely of PLAT (polycystin/lipoxygenase/alpha-toxin) domains, thought to be involved in targeting proteins to the plasma membrane. Studies in mice show that this gene is expressed in the mechanosensory hair cells in the inner ear, and mutations in this gene lead to auditory defects, indicating that this gene is essential for normal hair cell function. Screening of human families segregating deafness identified a mutation in this gene which causes DFNB77, a progressive form of autosomal-recessive nonsyndromic hearing loss (ARNSHL). Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been noted for this gene. [provided by RefSeq, Mar 2010]

这个基因编码完全自由PLAT(多囊/脂肪氧合酶/α毒素)结构域,被认为参与靶向蛋白质到质膜的一个高度保守的蛋白质。在小鼠中的研究表明,该基因在mechanosensory毛细胞在内耳,并且突变该基因导致听觉缺陷表达,这表明该基因是正常的毛细胞功能是必需的。人类家庭分离耳聋筛查发现该基因导致DFNB77,常染色体隐性非综合征性听力损失(ARNSHL)的渐进形式的突变。编码不同亚型选择性剪接转录变异体已经注意到了这个基因。 [由RefSeq的,2010年3月提供]

LOXHD1基因的碱基序列:[NCBI]
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LOXHD1基因的碱基突变:           仅显示部分snp
rs101940       rs101941       rs167872       rs167873       rs170590       rs172916       rs179179       rs184490       rs191280       rs191281       rs328122       rs328123       rs328124       rs328125       rs328126       rs328127       rs328128      

LOXHD1基因在不同组织中的表达:    [UniProt]

基因在不同组织中的表达图
正向引物序列
正向Tm值
反向引物序列
反向Tm值
评分
CTGTCCCACAAAGGTTCTC
58
GGTCATGAAGATGTTGGAGTC
58
TGACACTGGAATGACCCTC
59
ACCGTGAAGATTTCAATGCT
58
GACAACACAGGCAACAGAG
59
TGGAAAGTAGTACGTGATCTCG
59
AAGAAAGCCAGGTTTGAGC
58
AGTGTTCATGTTCTTCAGTAGG
58
CTGTCCCACAAAGGTTCTC
58
TCATGAAGATGTTGGAGTCAG
57
GACAACACAGGCAACAGAG
59
GGAAAGTAGTACGTGATCTCGT
59
GATGACACTGGAATGACCC
57
CGTGAAGATTTCAATGCTGTC
58
AAGAAAGCCAGGTTTGAGC
58
GTGTTCATGTTCTTCAGTAGGA
58
CTGTCCCACAAAGGTTCTC
58
ATGAAGATGTTGGAGTCAGTG
58
GACAACACAGGCAACAGAG
59
GGAAAGTAGTACGTGATCTCG
58
      尚未收录相关数据

LOXHD1基因(以及对应的蛋白质)的细胞分布位置:

[UniProt]     [GenomeNet]

" d="M482.414,245.296c3.539,4.293,4.455,10.009,0.202,11 c-4.244,0.996-4.983-10.983-8.293-8.438c-5.271,4.08,9.834,12.271,5.144,17.287c-3.717,3.607-6.172-5.75-10.839-1.976 c-4.673,3.776,6.781,7.299,2.831,11.326c-4.354,4.045-6.979-1.449-9.837-5.517c-1.193-1.742-2.059-3.851-3.595-2.748 c-1.516,1.078-1.854,1.795-0.938,3.666c2.374,4.854,9.235,10.119,5.156,12.535c-5.636,3.346-5.044-8.871-9.426-7.574 c-4.388,1.291,2.557,10.66-1.245,11.141c-4.089,0.545-3.483-10.239-6.979-8.575c-2.522,1.206-0.929,3.071-0.938,4.899 c0.004,1.32-0.964,3.6-2.372,4.062c-3.593,1.171-8.544-1.065-10.251-3.59c-6.04-8.93,0.396-15.997,4.639-7.015 c3.023,4.642,5.182,0.834,2.839-2.219c-1.032-1.354-4.309-5.901-0.781-7.252c2.904-1.113,4.271,1.941,5.985,4.592 c2.61,4.016,5.485,0.117,3.031-3.414c-1.828-2.633-2.74-3.803,3.156-7.42c6.405-4.369,6.52,3.869,10.077,0.646 c2.309-1.832-4.783-5.149,0.06-8.995c2.896-2.293,5.18,6.207,7.961,3.516c3.523-2.737-7.717-7.369,0.117-11.736 C473.413,240.77,480.519,242.891,482.414,245.296z"/> Extracellular space Cytosol Plasma membrane Cytoskeleton Lysosome Endosome Peroxisome ER Golgi Apparatus Nucleus Mitochondrion 0 1 2 3 4 5 Confidence
  • 质膜
  • 细胞质
  • 细胞外
  • 高尔基体
  • 囊泡
  • 细胞骨架
  • 内质网
  • 细胞核
  • 内体
  • 溶酶体
  • 线粒体

LOXHD1基因的本体(GO)信息:

GO库代码
对应的蛋白质
来源代码
GO:0007605
C9J269 (UniProtKB)
IEA
GO:0032420
C9J269 (UniProtKB)
IEA
GO:0007605
C9JMG7 (UniProtKB)
IEA
GO:0032420
C9JMG7 (UniProtKB)
IEA
GO:0007605
F5GXP0 (UniProtKB)
IEA
GO:0032420
F5GXP0 (UniProtKB)
IEA
GO:0007605
F5GZB4 (UniProtKB)
IEA
GO:0032420
F5GZB4 (UniProtKB)
IEA
GO:0007605
H7BZ41 (UniProtKB)
IEA
GO:0032420
H7BZ41 (UniProtKB)
IEA
GO:0007605
J3KRE7 (UniProtKB)
IEA
GO:0032420
J3KRE7 (UniProtKB)
IEA
GO:0007605
J3QKX9 (UniProtKB)
IEA
GO:0032420
J3QKX9 (UniProtKB)
IEA
GO:0005262
Q8IVV2 (UniProtKB)
IBA
GO:0007605
Q8IVV2 (UniProtKB)
IMP
GO:0016020
Q8IVV2 (UniProtKB)
IBA
GO:0032420
Q8IVV2 (UniProtKB)
ISS
GO:0050982
Q8IVV2 (UniProtKB)
IBA
GO:0070588
Q8IVV2 (UniProtKB)
IEA

可能调控 LOXHD1基因的相关microRNA:     

BioGrid

IntAct

mentha

String

基因与其他基因之间的相互作用关系图
序号 作用方式 资源库来源/分值 基因名称 基因名称
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
DEAFNESS, AUTOSOMAL RECESSIVE 77 (disorder) 0.24 0 7 CLINVAR_CTD_human
Tobacco Use Disorder 0.002367032 1 0 GAD
Hearing Loss, Mixed Conductive-Sensorineural 0.000814326 3 0 BeFree
Fuchs Endothelial Dystrophy 0.000271442 1 0 BeFree

联系方式

山东省济南市章丘区文博路2号 齐鲁师范学院 genelibs生信实验室

山东省济南市高新区舜华路750号大学科技园北区F座4单元2楼

电话: 0531-88819269

E-mail: product@genelibs.com

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