PCDH20 (protocadherin 20)

symbol:
PCDH20
locus group:
protein-coding gene
location:
13q21.2
gene_family:
Non-clustered protocadherins
alias symbol:
PCDH13|FLJ22218
alias name:
None
entrez id:
64881
ensembl gene id:
ENSG00000280165
ucsc gene id:
uc001vid.5
refseq accession:
NM_022843
hgnc_id:
HGNC:14257
approved reserved:
2000-12-14
13q21.2
基因染色体位置图

PCDH20(Protocadherin 20)是原钙黏蛋白(protocadherin)基因家族的一员,属于钙黏蛋白超家族。原钙黏蛋白家族是一类跨膜蛋白,主要参与细胞间黏附(cell adhesion)和信号传导(signal transduction),在神经系统发育中尤其重要,调控神经元连接、突触形成和脑功能。PCDH20的生物学功能尚未完全明确,但研究表明它可能通过同源或异源黏附作用影响细胞间识别,并在肿瘤抑制中发挥作用。其表达产物为跨膜蛋白,具有典型的钙黏蛋白结构域(cadherin repeats),依赖钙离子介导细胞黏附。主要作用位点包括细胞膜,尤其在神经组织和某些上皮组织中表达较高。PCDH20的突变或表观遗传沉默(如启动子甲基化)可能导致其功能丧失,与多种癌症相关,例如肝癌、胃癌和乳腺癌,其失活可能促进肿瘤侵袭和转移。过表达PCDH20可能抑制肿瘤细胞增殖和迁移,而低表达则可能削弱细胞黏附能力,增加转移风险。在基因家族层面,原钙黏蛋白(protocadherin)分为簇集型(clustered)和非簇集型(non-clustered),PCDH20属于后者。该家族共性包括:通过可变剪接产生多样性、参与神经回路特异性调控、依赖钙离子的细胞黏附功能。目前研究还发现PCDH20可能通过Wnt/β-catenin等通路影响下游基因表达,但其具体机制仍需进一步探索。若翻译不准确,原英文术语已标注。

This gene belongs to the protocadherin gene family, a subfamily of the cadherin superfamily. This gene encodes a protein which contains 6 extracellular cadherin domains, a transmembrane domain and a cytoplasmic tail differing from those of the classical cadherins. Although its specific function is undetermined, the cadherin-related neuronal receptor is thought to play a role in the establishment and function of specific cell-cell connections in the brain. [provided by RefSeq, Jul 2008]

该基??因属于protocadherin基因家族,钙粘着蛋白超家族的亚家族。该基因编码含有6细胞外钙粘蛋白结构域,跨膜结构域和胞质尾不同于经典钙黏着蛋白的不同的蛋白质。虽然其具体功能是未定,钙黏着蛋白相关的神经元受体认为在大脑中的特定细胞 - 细胞连接的建立和功能的作用。 [由RefSeq的,2008年7月提供]

PCDH20基因的碱基序列:[NCBI]
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PCDH20基因的碱基突变:           仅显示部分snp
rs3812871       rs3812872       rs3812873       rs3812874       rs3812875       rs3812876       rs3829388       rs3829389       rs4281600       rs7990536       rs7996071       rs9528335       rs9528336       rs9539157       rs9570571       rs11423785       rs17059792      

PCDH20基因在不同组织中的表达:    [UniProt]

基因在不同组织中的表达图
正向引物序列
正向Tm值
反向引物序列
反向Tm值
评分
CATGAACCGAGAGGGAGTG
59
AAACAGAAACAGATGCGGC
59
AGAGAAAGGGAACAATTTGACC
59
CTACCATCTGGAGACTCTCAG
59
CAGAGAAAGGGAACAATTTGAC
58
TACCATCTGGAGACTCTCAG
58
CGAGAGGGAGTGTCTTCTG
59
AAACAGAAACAGATGCGGC
59
GAGAGGGAGTGTCTTCTGC
59
AAACAGAAACAGATGCGGC
59
AAATTCACTGGCAAAGAAGC
58
AGTTGGAGGCTCAAATGTC
58
      尚未收录相关数据

PCDH20基因(以及对应的蛋白质)的细胞分布位置:

[UniProt]     [GenomeNet]

" d="M482.414,245.296c3.539,4.293,4.455,10.009,0.202,11 c-4.244,0.996-4.983-10.983-8.293-8.438c-5.271,4.08,9.834,12.271,5.144,17.287c-3.717,3.607-6.172-5.75-10.839-1.976 c-4.673,3.776,6.781,7.299,2.831,11.326c-4.354,4.045-6.979-1.449-9.837-5.517c-1.193-1.742-2.059-3.851-3.595-2.748 c-1.516,1.078-1.854,1.795-0.938,3.666c2.374,4.854,9.235,10.119,5.156,12.535c-5.636,3.346-5.044-8.871-9.426-7.574 c-4.388,1.291,2.557,10.66-1.245,11.141c-4.089,0.545-3.483-10.239-6.979-8.575c-2.522,1.206-0.929,3.071-0.938,4.899 c0.004,1.32-0.964,3.6-2.372,4.062c-3.593,1.171-8.544-1.065-10.251-3.59c-6.04-8.93,0.396-15.997,4.639-7.015 c3.023,4.642,5.182,0.834,2.839-2.219c-1.032-1.354-4.309-5.901-0.781-7.252c2.904-1.113,4.271,1.941,5.985,4.592 c2.61,4.016,5.485,0.117,3.031-3.414c-1.828-2.633-2.74-3.803,3.156-7.42c6.405-4.369,6.52,3.869,10.077,0.646 c2.309-1.832-4.783-5.149,0.06-8.995c2.896-2.293,5.18,6.207,7.961,3.516c3.523-2.737-7.717-7.369,0.117-11.736 C473.413,240.77,480.519,242.891,482.414,245.296z"/> Extracellular space Cytosol Plasma membrane Cytoskeleton Lysosome Endosome Peroxisome ER Golgi Apparatus Nucleus Mitochondrion 0 1 2 3 4 5 Confidence
  • 质膜
  • 细胞质
  • 细胞外
  • 高尔基体
  • 囊泡
  • 细胞骨架
  • 内质网
  • 细胞核
  • 内体
  • 溶酶体
  • 线粒体

PCDH20基因的本体(GO)信息:

GO库代码
对应的蛋白质
来源代码
GO:0005509
Q8N6Y1 (UniProtKB)
IEA
GO:0005886
Q8N6Y1 (UniProtKB)
IEA
GO:0007156
Q8N6Y1 (UniProtKB)
IEA
GO:0016021
Q8N6Y1 (UniProtKB)
IEA
GO:0044822
Q8N6Y1 (UniProtKB)
IDA

可能调控 PCDH20基因的相关microRNA:     

BioGrid

基因与其他基因之间的相互作用关系图
序号 作用方式 资源库来源/分值 基因名称 基因名称
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
Carcinogenesis 0.000271442 1 0 BeFree
Malignant neoplasm of lung 0.000271442 1 0 BeFree
Non-Small Cell Lung Carcinoma 0.000271442 1 0 BeFree
Liver carcinoma 0.000271442 1 0 BeFree

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