PCDHB12 (protocadherin beta 12)

symbol:
PCDHB12
locus group:
other
location:
5q31.3
gene_family:
Clustered protocadherins
alias symbol:
PCDH-BETA12
alias name:
None
entrez id:
56124
ensembl gene id:
ENSG00000120328
ucsc gene id:
uc003liz.4
refseq accession:
NM_018932
hgnc_id:
HGNC:8683
approved reserved:
2000-06-28
5q31.3
基因染色体位置图

PCDHB12(Protocadherin Beta 12)属于原钙粘蛋白β(PCDHB)基因家族,该家族是钙粘蛋白超家族的一部分,主要参与细胞间粘附和信号传导。PCDHB基因家族共有16个成员(PCDHB1-PCDHB16),它们的共性是通过钙离子依赖的细胞粘附机制调控神经系统的发育,特别是在神经元迁移、突触形成和神经回路建立中发挥关键作用。PCDHB12编码的蛋白质是一种跨膜蛋白,其胞外结构域含有多个钙粘蛋白重复序列,能够介导同源或异源细胞间相互作用。该基因主要在神经系统高表达,尤其在发育中的大脑皮层、海马和小脑中。PCDHB12的功能障碍或突变可能导致神经发育异常,有研究表明PCDHB家族基因的异常与自闭症谱系障碍(ASD)和精神分裂症等神经精神疾病相关。当PCDHB12发生突变时,可能破坏神经元之间的正常连接,影响神经网络的精确组装,进而导致认知和行为异常。PCDHB12的过表达可能增强神经元间的异常连接,扰乱神经回路平衡;而表达降低则可能导致突触可塑性受损,影响学习和记忆功能。此外,PCDHB12的表达变化还可能影响其他PCDHB家族成员的功能,因为它们在神经发育中往往协同作用。该基因的表观遗传调控异常也被发现与某些神经系统疾病相关。虽然对PCDHB12的具体机制研究仍在深入,但它在神经发育中的重要性已得到广泛认可,未来可能成为神经发育障碍的诊断标志物或治疗靶点。

This gene is a member of the protocadherin beta gene cluster, one of three related gene clusters tandemly linked on chromosome five. The gene clusters demonstrate an unusual genomic organization similar to that of B-cell and T-cell receptor gene clusters. The beta cluster contains 16 genes and 3 pseudogenes, each encoding 6 extracellular cadherin domains and a cytoplasmic tail that deviates from others in the cadherin superfamily. The extracellular domains interact in a homophilic manner to specify differential cell-cell connections. Unlike the alpha and gamma clusters, the transcripts from these genes are made up of only one large exon, not sharing common 3' exons as expected. These neural cadherin-like cell adhesion proteins are integral plasma membrane proteins. Their specific functions are unknown but they most likely play a critical role in the establishment and function of specific cell-cell neural connections. [provided by RefSeq, Jul 2008]

此基因是protocadherinβ基因簇的一个成员,的五个染色体串联连接三个相关的基因簇之一。该基因簇表明类似于B细胞和T细胞受体基因簇的一个不寻常的基因组组织。公测簇包含16个基因和3个假,每个编码6外钙粘蛋白结构域和其他人偏离了钙粘蛋白超家族胞质尾。胞外结构域在一个嗜同的方式进行交互以指定差动细胞 - 细胞连接。不同的是α和γ集群,从这些基因的成绩单是由只有一个大外显子,不按预期分享共同3‘外显子。这些神经钙粘蛋白样细胞粘附蛋白是一体的质膜蛋白。其具体的功能是未知的,但它们最有可能发挥特定细胞 - 细胞的神经连接的建立和功能起关键作用。 [由RefSeq的,2008年7月提供]

PCDHB12基因的碱基序列:[NCBI]
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PCDHB12基因的碱基突变:           仅显示部分snp
rs597196       rs651056       rs652435       rs2910006       rs2910326       rs2910327       rs2910328       rs7702899       rs10051434       rs12374500       rs17097004       rs17844599       rs17844601       rs17854367       rs28634199       rs58362260       rs61729948      

PCDHB12基因在不同组织中的表达:    [UniProt]

基因在不同组织中的表达图
正向引物序列
正向Tm值
反向引物序列
反向Tm值
评分
AATGCTAGACAGGGAGGAG
58
CACTTGGAAATACAGCACAC
57
TGCAGATAAGCACCTTTGGA
60
GCGTTGTCGTTTACATCCA
59
CAGATAAGGCAAGTCCTGCT
60
ATCCAAAGGTGCTCGAGTC
60
TGCAGATAAGCACCTTTGG
58
GCGTTGTCGTTTACATCCA
59
CAGGTGATGGATGTAAACGAC
59
TTGGACTGGTAATTGATGACAC
59
TTTGCTGGGAATGTCTCAG
58
AAATCCAAAGGTGCTCGAG
58
CAGGTGATGGATGTAAACGA
58
TTGGACTGGTAATTGATGACAC
59
GCAGATAAGCACCTTTGGA
58
AGCGTTGTCGTTTACATCC
59
TTGCTGGGAATGTCTCAGG
60
ATCCAAAGGTGCTCGAGTC
60
      尚未收录相关数据

PCDHB12基因(以及对应的蛋白质)的细胞分布位置:

[UniProt]     [GenomeNet]

" d="M482.414,245.296c3.539,4.293,4.455,10.009,0.202,11 c-4.244,0.996-4.983-10.983-8.293-8.438c-5.271,4.08,9.834,12.271,5.144,17.287c-3.717,3.607-6.172-5.75-10.839-1.976 c-4.673,3.776,6.781,7.299,2.831,11.326c-4.354,4.045-6.979-1.449-9.837-5.517c-1.193-1.742-2.059-3.851-3.595-2.748 c-1.516,1.078-1.854,1.795-0.938,3.666c2.374,4.854,9.235,10.119,5.156,12.535c-5.636,3.346-5.044-8.871-9.426-7.574 c-4.388,1.291,2.557,10.66-1.245,11.141c-4.089,0.545-3.483-10.239-6.979-8.575c-2.522,1.206-0.929,3.071-0.938,4.899 c0.004,1.32-0.964,3.6-2.372,4.062c-3.593,1.171-8.544-1.065-10.251-3.59c-6.04-8.93,0.396-15.997,4.639-7.015 c3.023,4.642,5.182,0.834,2.839-2.219c-1.032-1.354-4.309-5.901-0.781-7.252c2.904-1.113,4.271,1.941,5.985,4.592 c2.61,4.016,5.485,0.117,3.031-3.414c-1.828-2.633-2.74-3.803,3.156-7.42c6.405-4.369,6.52,3.869,10.077,0.646 c2.309-1.832-4.783-5.149,0.06-8.995c2.896-2.293,5.18,6.207,7.961,3.516c3.523-2.737-7.717-7.369,0.117-11.736 C473.413,240.77,480.519,242.891,482.414,245.296z"/> Extracellular space Cytosol Plasma membrane Cytoskeleton Lysosome Endosome Peroxisome ER Golgi Apparatus Nucleus Mitochondrion 0 1 2 3 4 5 Confidence
  • 质膜
  • 细胞质
  • 细胞外
  • 高尔基体
  • 囊泡
  • 细胞骨架
  • 内质网
  • 细胞核
  • 内体
  • 溶酶体
  • 线粒体

PCDHB12基因的本体(GO)信息:

GO库代码
对应的蛋白质
来源代码
GO:0005509
Q9Y5F1 (UniProtKB)
IEA
GO:0005887
Q9Y5F1 (UniProtKB)
TAS
GO:0007155
Q9Y5F1 (UniProtKB)
TAS
GO:0007156
Q9Y5F1 (UniProtKB)
IEA
GO:0007399
Q9Y5F1 (UniProtKB)
TAS

可能调控 PCDHB12基因的相关microRNA:     

String

基因与其他基因之间的相互作用关系图
序号 作用方式 资源库来源/分值 基因名称 基因名称
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源

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