PTBP3 (polypyrimidine tract binding protein 3)

symbol:
PTBP3
locus group:
protein-coding gene
location:
9q32
gene_family:
RNA binding motif containing
alias symbol:
DKFZp781I1117
alias name:
None
entrez id:
9991
ensembl gene id:
ENSG00000119314
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uc004bfw.4
refseq accession:
NM_001163788
hgnc_id:
HGNC:10253
approved reserved:
1999-10-26
9q32
基因染色体位置图

PTBP3(多聚嘧啶束结合蛋白3,英文全称Polypyrimidine Tract Binding Protein 3)属于PTBP基因家族,该家族还包括PTBP1和PTBP2,主要功能是通过结合RNA中的多聚嘧啶序列调控mRNA的剪接、稳定性、定位和翻译。PTBP家族成员的共性是含有RNA识别基序(RRM),能特异性识别富含嘧啶的RNA区域,从而影响基因表达。PTBP3在多种组织中表达,尤其在神经系统中具有重要作用,参与神经发育和突触可塑性。PTBP3的表达产物是一种RNA结合蛋白,通过与靶RNA结合调控其剪接模式,例如在神经元中促进特定外显子的跳跃或保留,从而影响蛋白质亚型的生成。PTBP3的突变可能导致RNA剪接异常,进而影响神经功能或发育,与神经退行性疾病(如阿尔茨海默病)和某些癌症(如胶质瘤)的发生有关。若PTBP3过表达,可能通过异常剪接导致促癌基因激活或抑癌基因失活,促进肿瘤进展;而降低表达则可能影响神经细胞的正常分化或突触功能,引发神经系统疾病。PTBP3与PTBP1和PTBP2功能部分重叠,但各自具有组织特异性,例如PTBP1在非神经组织中占主导,而PTBP2和PTBP3在神经系统中更活跃。研究还发现PTBP3在免疫调节和病毒感染中发挥作用,可能通过调控免疫相关基因的剪接影响炎症反应。专业术语解释:RNA剪接(RNA splicing)是指从前体mRNA中切除内含子、连接外显子的过程;外显子跳跃(exon skipping)是一种剪接异常现象,导致某些外显子未被包含在成熟mRNA中。目前PTBP3的中文译名较统一,但需注意其与家族其他成员(如PTBP1/2)的区别。

The protein encoded by this gene binds RNA and is a regulator of cell differentiation. The encoded protein preferentially binds to poly(G) and poly(U) sequences in vitro. Several transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Oct 2011]

由该基因编码的蛋白结合RNA和是细胞分化的调节剂。所编码的蛋白质优先结合聚(G)和聚(U)的序列在体外。已发现该基因编码不同亚型的几个抄本变形。 [由RefSeq的,2011年10月提供]

PTBP3基因的碱基序列:[NCBI]
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PTBP3基因的碱基突变:           仅显示部分snp
rs6575       rs14255       rs720861       rs940592       rs940593       rs943620       rs943621       rs946816       rs1056107       rs1105087       rs1134509       rs1327780       rs1327878       rs1327879       rs1359878       rs1417111       rs1524841      

PTBP3基因在不同组织中的表达:    [UniProt]

基因在不同组织中的表达图
正向引物序列
正向Tm值
反向引物序列
反向Tm值
评分
AATGAATTATCTGCCCGTCG
59
TCCCATTAGCTGTAGAAGGA
58
TTTCTTCTGGCATCATTAACGG
59
CTGTCATTCCCATTAGCATACAC
60
AGCTACAGGTCTATCAGTTCC
59
ATCCTTCCAGTGACAGCAG
59
TGTGTATGCTAATGGGAATGAC
59
TTCGGTGACATCACATGGA
59
ACCTAATCAAGCTCGAGCC
60
GAAGGACCTCCAGAAAGGG
59
ACCTAATCAAGCTCGAGCC
59
GAAGGACCTCCAGAAAGGG
59
TCTGATGAGCTTCTTTCTTCTG
58
ATTCCCATTAGCTGTAGAAGG
57
TTTCTTCTGGCATCATTAACGG
59
CTGTCATTCCCATTAGCATACAC
60
AATGAATTATCTGCCCGTCG
59
TCCCATTAGCTGTAGAAGGA
58
TTCTTCTGGCATCATTAACGG
59
CTGTCATTCCCATTAGCATACAC
60
      尚未收录相关数据

PTBP3基因(以及对应的蛋白质)的细胞分布位置:

[UniProt]     [GenomeNet]

" d="M482.414,245.296c3.539,4.293,4.455,10.009,0.202,11 c-4.244,0.996-4.983-10.983-8.293-8.438c-5.271,4.08,9.834,12.271,5.144,17.287c-3.717,3.607-6.172-5.75-10.839-1.976 c-4.673,3.776,6.781,7.299,2.831,11.326c-4.354,4.045-6.979-1.449-9.837-5.517c-1.193-1.742-2.059-3.851-3.595-2.748 c-1.516,1.078-1.854,1.795-0.938,3.666c2.374,4.854,9.235,10.119,5.156,12.535c-5.636,3.346-5.044-8.871-9.426-7.574 c-4.388,1.291,2.557,10.66-1.245,11.141c-4.089,0.545-3.483-10.239-6.979-8.575c-2.522,1.206-0.929,3.071-0.938,4.899 c0.004,1.32-0.964,3.6-2.372,4.062c-3.593,1.171-8.544-1.065-10.251-3.59c-6.04-8.93,0.396-15.997,4.639-7.015 c3.023,4.642,5.182,0.834,2.839-2.219c-1.032-1.354-4.309-5.901-0.781-7.252c2.904-1.113,4.271,1.941,5.985,4.592 c2.61,4.016,5.485,0.117,3.031-3.414c-1.828-2.633-2.74-3.803,3.156-7.42c6.405-4.369,6.52,3.869,10.077,0.646 c2.309-1.832-4.783-5.149,0.06-8.995c2.896-2.293,5.18,6.207,7.961,3.516c3.523-2.737-7.717-7.369,0.117-11.736 C473.413,240.77,480.519,242.891,482.414,245.296z"/> Extracellular space Cytosol Plasma membrane Cytoskeleton Lysosome Endosome Peroxisome ER Golgi Apparatus Nucleus Mitochondrion 0 1 2 3 4 5 Confidence
  • 质膜
  • 细胞质
  • 细胞外
  • 高尔基体
  • 囊泡
  • 细胞骨架
  • 内质网
  • 细胞核
  • 内体
  • 溶酶体
  • 线粒体

PTBP3基因的本体(GO)信息:

GO库代码
对应的蛋白质
来源代码
GO:0003723
B1ALY4 (UniProtKB)
IEA
GO:0016070
B1ALY4 (UniProtKB)
IEA
GO:0045595
B1ALY4 (UniProtKB)
IEA
GO:0000166
O95758 (UniProtKB)
IEA
GO:0003723
O95758 (UniProtKB)
TAS
GO:0005634
O95758 (UniProtKB)
IEA
GO:0006397
O95758 (UniProtKB)
IEA
GO:0008380
O95758 (UniProtKB)
IEA
GO:0009653
O95758 (UniProtKB)
TAS
GO:0033119
O95758 (UniProtKB)
IDA
GO:0043249
O95758 (UniProtKB)
IEA
GO:0044822
O95758 (UniProtKB)
IDA
GO:0044822
O95758 (UniProtKB)
IDA
GO:0045595
O95758 (UniProtKB)
IEA
GO:0000166
X6R242 (UniProtKB)
IEA
GO:0003723
X6R242 (UniProtKB)
IEA
GO:0016070
X6R242 (UniProtKB)
IEA
GO:0045595
X6R242 (UniProtKB)
IEA

可能调控 PTBP3基因的相关microRNA:     

MINT

BioGrid

IntAct

mentha

String

基因与其他基因之间的相互作用关系图
序号 作用方式 资源库来源/分值 基因名称 基因名称
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
Tobacco Use Disorder 0.002367032 1 0 GAD

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