SDF4 (stromal cell derived factor 4)

基因基本信息

基因基本信息

symbol:
SDF4
locus group:
protein-coding gene
location:
1p36.33
gene_family:
EF-hand domain containing
alias symbol:
Cab45
alias name:
calcium binding protein
entrez id:
51150
ensembl gene id:
ENSG00000078808
ucsc gene id:
uc001adi.5
refseq accession:
NM_016176
hgnc_id:
HGNC:24188
approved reserved:
2005-05-24

基因染色体位置

基因染色体位置

1p36.33
基因染色体位置图

基因简述

基因简述

SDF4（Stromal Cell-Derived Factor 4）属于CXC趋化因子家族，是一类分泌型小分子蛋白，主要参与免疫调节、细胞迁移和炎症反应。该基因编码的蛋白SDF-4（也称为CXCL12γ）是CXCL12（SDF-1）的剪接变体之一，通过结合其受体CXCR4或CXCR7发挥作用，调控造血干细胞归巢、胚胎发育、血管生成及肿瘤转移等过程。SDF4主要在骨髓基质细胞、内皮细胞和某些肿瘤细胞中表达，其功能依赖于与G蛋白偶联受体的相互作用，激活下游信号通路如PI3K/AKT和MAPK，促进细胞趋化、存活和增殖。若SDF4发生突变（如错义突变或缺失），可能导致受体结合能力下降，影响细胞迁移功能，与免疫缺陷、心血管异常或癌症进展相关。例如，SDF4/CXCL12γ过表达会增强肿瘤细胞的侵袭性，而表达降低可能损害组织修复能力。CXC趋化因子家族的共性在于其蛋白结构均含有保守的CXC基序（两个半胱氨酸残基间隔一个任意氨基酸），主要调控白细胞趋化、血管生成及炎症反应。该家族成员（如CXCL8、CXCL12）在感染、自身免疫病和癌症中发挥关键作用。SDF4作为其中一员，其功能冗余性可能被其他亚型（如SDF-1α/β）部分补偿，但特定剪接变体的时空表达差异仍对微环境稳态有独特影响。

This gene encodes a stromal cell derived factor that is a member of the CREC protein family. The encoded protein contains six EF-hand motifs and calcium-binding motifs. This protein localizes to the Golgi lumen and may be involved in regulating calcium dependent cellular activities. [provided by RefSeq, Sep 2011]

该基因编码，它是CREC蛋白家族的成员的基质细胞衍生因子。所编码的蛋白质包含六个EF手基序和钙结合基序。此蛋白质定位于高尔基体腔，并且可以参与调节钙依赖性细胞的活动。 [由RefSeq的，2011年9月提供]

OMIM数据库中对SDF4基因的介绍     Wikipedia数据库中对SDF4基因的介绍

基因序列

基因序列

SDF4基因的碱基序列：[NCBI]
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基因突变

基因突变

SDF4基因的碱基突变：           仅显示部分snp
rs12249       rs3813196       rs11260564       rs11542293       rs12085009       rs45574035       rs45591132       rs55717744       rs55893507       rs56316126       rs60252802       rs61766182       rs72894056       rs77696650       rs78379068       rs79493008       rs112561513      

基因表达

基因表达

SDF4基因在不同组织中的表达：    [UniProt]

基因在不同组织中的表达图

基因引物

基因引物

正向引物序列
正向Tm值
反向引物序列
反向Tm值
评分
TCTTCCTAGGCAAGGACCT
60
ATGACCATCAGCTTCCTCC
59
TCTTCCTAGGCAAGGACCT
59
TGTTCACATCCACCTTGGA
58
GACAACTGGGTGAAAGACAG
59
CCATGTAGCTCTCCAGCTC
60
TAAAGGCCATAGCGAGAAGG
60
AGGACTTCCTGTGTTTCCTC
59
CAAAGTGGATGAGGAAAGCTG
60
GAGGAACGACAGGAACTCC
60
AAAGTGGATGAGGAAAGCAG
58
TTCTCCAGGACTTCCTGTG
59
GACAACTGGGTGAAAGACAG
59
CCATGTAGCTCTCCAGCTC
60
TAAAGGCCATAGCGAGAAGG
60
AGGACTTCCTGTGTTTCCTC
59
CAAAGTGGATGAGGAAAGCAG
60
GGACTTCCTGTGCTGAGAG
60
CAAAGTGGATGAGGAAAGCTG
60
GGAACGACAGGAACTCCTC
60

转录因子

转录因子

      尚未收录相关数据

基因本体信息

SDF4基因（以及对应的蛋白质）的细胞分布位置：

[UniProt]     [GenomeNet]

" d="M482.414,245.296c3.539,4.293,4.455,10.009,0.202,11 c-4.244,0.996-4.983-10.983-8.293-8.438c-5.271,4.08,9.834,12.271,5.144,17.287c-3.717,3.607-6.172-5.75-10.839-1.976 c-4.673,3.776,6.781,7.299,2.831,11.326c-4.354,4.045-6.979-1.449-9.837-5.517c-1.193-1.742-2.059-3.851-3.595-2.748 c-1.516,1.078-1.854,1.795-0.938,3.666c2.374,4.854,9.235,10.119,5.156,12.535c-5.636,3.346-5.044-8.871-9.426-7.574 c-4.388,1.291,2.557,10.66-1.245,11.141c-4.089,0.545-3.483-10.239-6.979-8.575c-2.522,1.206-0.929,3.071-0.938,4.899 c0.004,1.32-0.964,3.6-2.372,4.062c-3.593,1.171-8.544-1.065-10.251-3.59c-6.04-8.93,0.396-15.997,4.639-7.015 c3.023,4.642,5.182,0.834,2.839-2.219c-1.032-1.354-4.309-5.901-0.781-7.252c2.904-1.113,4.271,1.941,5.985,4.592 c2.61,4.016,5.485,0.117,3.031-3.414c-1.828-2.633-2.74-3.803,3.156-7.42c6.405-4.369,6.52,3.869,10.077,0.646 c2.309-1.832-4.783-5.149,0.06-8.995c2.896-2.293,5.18,6.207,7.961,3.516c3.523-2.737-7.717-7.369,0.117-11.736 C473.413,240.77,480.519,242.891,482.414,245.296z"/> Extracellular space Cytosol Plasma membrane Cytoskeleton Lysosome Endosome Peroxisome ER Golgi Apparatus Nucleus Mitochondrion 0 1 2 3 4 5 Confidence
  • 质膜
  • 细胞质
  • 细胞外
  • 高尔基体
  • 囊泡
  • 细胞骨架
  • 内质网
  • 细胞核
  • 内体
  • 溶酶体
  • 线粒体

SDF4基因的本体（GO）信息：

GO库代码
对应的蛋白质
来源代码
GO:0005509
G3V1E2 (UniProtKB)
IEA
GO:0005509
H0Y3T6 (UniProtKB)
IEA
GO:0005509
Q9BRK5 (UniProtKB)
ISS
GO:0005509
Q9BRK5 (UniProtKB)
IDA
GO:0005515
Q9BRK5 (UniProtKB)
IPI
GO:0005515
Q9BRK5 (UniProtKB)
IPI
GO:0005737
Q9BRK5 (UniProtKB)
ISS
GO:0005770
Q9BRK5 (UniProtKB)
ISS
GO:0005770
Q9BRK5 (UniProtKB)
ISS
GO:0005794
Q9BRK5 (UniProtKB)
IDA
GO:0005796
Q9BRK5 (UniProtKB)
ISS
GO:0009650
Q9BRK5 (UniProtKB)
ISS
GO:0016020
Q9BRK5 (UniProtKB)
IDA
GO:0017156
Q9BRK5 (UniProtKB)
ISS
GO:0021549
Q9BRK5 (UniProtKB)
ISS
GO:0032059
Q9BRK5 (UniProtKB)
IEA
GO:0042802
Q9BRK5 (UniProtKB)
ISS
GO:0045444
Q9BRK5 (UniProtKB)
ISS
GO:0045471
Q9BRK5 (UniProtKB)
ISS
GO:0070062
Q9BRK5 (UniProtKB)
IDA
GO:0070625
Q9BRK5 (UniProtKB)
ISS
GO:0005886
Q9BRK5 (UniProtKB)
ISS

基因相关microRNA

基因相关microRNA

可能调控 SDF4基因的相关microRNA：     

基因相互作用关系

基因相互作用关系

MINT

BioGrid

IntAct

mentha

String

基因与其他基因之间的相互作用关系图
序号 作用方式 资源库来源/分值 基因名称 基因名称

基因通路

基因通路

基因相关疾病

基因相关疾病

疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
Schizophrenia 0.120542884 3 0 BeFree_CTD_human
Neoplasm Metastasis 0.005971721 22 0 BeFree
Breast Carcinoma 0.001357209 5 0 BeFree
Malignant neoplasm of pancreas 0.001357209 5 0 BeFree
Pancreatic carcinoma 0.001357209 5 0 BeFree
Malignant neoplasm of breast 0.001357209 5 0 BeFree
Tumor Progression 0.000814326 3 0 BeFree
Malignant neoplasm of lung 0.000814326 3 0 BeFree
Prostate carcinoma 0.000814326 3 0 BeFree
Stomach Carcinoma 0.000814326 3 0 BeFree

基因相关服务

基因相关服务

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