SEMA4A (semaphorin 4A)

symbol:
SEMA4A
locus group:
protein-coding gene
location:
1q22
gene_family:
Semaphorins
alias symbol:
SemB|FLJ12287|CORD10
alias name:
None
entrez id:
64218
ensembl gene id:
ENSG00000196189
ucsc gene id:
uc001fnl.4
refseq accession:
NM_022367
hgnc_id:
HGNC:10729
approved reserved:
2004-04-22
1q22
基因染色体位置图

SEMA4A(Semaphorin 4A)是Semaphorin基因家族的一员,该家族是一类编码分泌型或膜结合型信号蛋白的基因,主要参与神经轴突导向、血管生成、免疫调节等过程。Semaphorin家族蛋白的共同特点是拥有一个保守的Sema结构域(负责蛋白间相互作用)和PSI结构域(介导蛋白折叠和功能)。SEMA4A是一种跨膜蛋白,其表达产物通过结合受体(如Plexin B1、Tim-2)传递信号,调控细胞迁移、免疫细胞活化和血管形成等生物学功能。在神经系统中,SEMA4A参与神经元网络建立;在免疫系统中,它调节T细胞活化与耐受;在肿瘤微环境中,它可能抑制血管生成。SEMA4A突变可能导致功能异常,例如错义突变R66Q与视网膜色素变性相关,该突变影响蛋白折叠及与受体的结合能力。此外,SEMA4A表达异常与多种疾病相关:过表达可能促进肿瘤免疫逃逸(如黑色素瘤中通过PD-1通路抑制T细胞功能),而低表达可能与自身免疫疾病(如多发性硬化)或神经发育障碍有关。在基因家族层面,Semaphorin成员(如SEMA3A、SEMA5A)均通过Sema结构域介导细胞排斥或吸引信号,但不同成员具有组织特异性。若SEMA4A过表达,可能增强免疫抑制微环境,降低其他促炎基因(如IFN-γ)的表达;反之,其表达不足可能导致免疫过度活化或神经突触导向缺陷。目前中文常将Semaphorin译为“信号素”或“导向素”,但部分文献仍保留英文原名以确保准确性。

This gene encodes a member of the semaphorin family of soluble and transmembrane proteins. Semaphorins are involved in numerous functions, including axon guidance, morphogenesis, carcinogenesis, and immunomodulation. The encoded protein is a single-pass type I membrane protein containing an immunoglobulin-like C2-type domain, a PSI domain and a sema domain. It inhibits axonal extension by providing local signals to specify territories inaccessible for growing axons. It is an activator of T-cell-mediated immunity and suppresses vascular endothelial growth factor (VEGF)-mediated endothelial cell migration and proliferation in vitro and angiogenesis in vivo. Mutations in this gene are associated with retinal degenerative diseases including retinitis pigmentosa type 35 (RP35) and cone-rod dystrophy type 10 (CORD10). Multiple alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been identified.[provided by RefSeq, Sep 2010]

这个基因编码的可溶性和跨膜蛋白的脑信号蛋白家族的一个成员。信号蛋白参与了许多功能,包括轴突导向,形态发生,癌变和immunomodulation。所编码的蛋白质是一个单通的I型膜含有免疫球蛋白样C2型结构域,一个PSI结构域和一个Sema结构域的蛋白质。它通过提供本地信号指定无法访问轴突生长抑制的领土延伸轴突。它是T细胞介导的??免疫的激活剂并抑制体内和体外的血管生成血管内皮生长因子(VEGF)介导的内皮细胞迁移和增殖。在这种基因突变与视网膜变性疾病,包括色素性视网膜炎类型35(RP35)和锥 - 视杆营养不良型10(CORD10)相关联。多重选择性剪接转录变异体的编码不同亚型已经确定。[由RefSeq的,2010年9月提供]

SEMA4A基因的碱基序列:[NCBI]
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SEMA4A基因的碱基突变:           仅显示部分snp
rs7695       rs510441       rs1003725       rs1468772       rs1984508       rs1985510       rs2075164       rs3738581       rs3738582       rs3814315       rs3841429       rs4020348       rs4661033       rs4661034       rs4661035       rs6659312       rs6685797      

SEMA4A基因在不同组织中的表达:    [UniProt]

基因在不同组织中的表达图
正向引物序列
正向Tm值
反向引物序列
反向Tm值
评分
CCGCAAATCATTAAAGAAGTCC
58
AATAATAAGAGGCCAAGGCTG
58
CACGCTTCTTCCAGTTCTC
59
TCTGGTGGAAGAAGCTAAGTG
60
TGGATATCCAGGATCCAGG
58
TCTTGAAGTTCCTCATTGCT
57
GCTTGTACCTTCATTATGTGAG
57
GGTAGGAATCTTGAAGTTCCT
57
GGATATCCAGGATCCAGGG
58
ACACTGTGTCTCATTGCTC
58
CTTCTTCGAGGAGACAGCC
60
CCACGTCATTCTTGCAGAC
59
CTGGTGGAAGAGATTCAGC
58
CTACAAACACTGCACCCTG
59
TCTCTTGTGAGAGCTCCCT
60
CTGAAGCAGTTGGAAGAGGA
60
CACTGGAGAGCAGATTGAG
58
CCCAACATGGAGAACTGGA
59
CCGCAAATCATTAAAGAAGTCC
58
AATAATAAGAGGCCAAGGCTG
58
      尚未收录相关数据

SEMA4A基因(以及对应的蛋白质)的细胞分布位置:

[UniProt]     [GenomeNet]

" d="M482.414,245.296c3.539,4.293,4.455,10.009,0.202,11 c-4.244,0.996-4.983-10.983-8.293-8.438c-5.271,4.08,9.834,12.271,5.144,17.287c-3.717,3.607-6.172-5.75-10.839-1.976 c-4.673,3.776,6.781,7.299,2.831,11.326c-4.354,4.045-6.979-1.449-9.837-5.517c-1.193-1.742-2.059-3.851-3.595-2.748 c-1.516,1.078-1.854,1.795-0.938,3.666c2.374,4.854,9.235,10.119,5.156,12.535c-5.636,3.346-5.044-8.871-9.426-7.574 c-4.388,1.291,2.557,10.66-1.245,11.141c-4.089,0.545-3.483-10.239-6.979-8.575c-2.522,1.206-0.929,3.071-0.938,4.899 c0.004,1.32-0.964,3.6-2.372,4.062c-3.593,1.171-8.544-1.065-10.251-3.59c-6.04-8.93,0.396-15.997,4.639-7.015 c3.023,4.642,5.182,0.834,2.839-2.219c-1.032-1.354-4.309-5.901-0.781-7.252c2.904-1.113,4.271,1.941,5.985,4.592 c2.61,4.016,5.485,0.117,3.031-3.414c-1.828-2.633-2.74-3.803,3.156-7.42c6.405-4.369,6.52,3.869,10.077,0.646 c2.309-1.832-4.783-5.149,0.06-8.995c2.896-2.293,5.18,6.207,7.961,3.516c3.523-2.737-7.717-7.369,0.117-11.736 C473.413,240.77,480.519,242.891,482.414,245.296z"/> Extracellular space Cytosol Plasma membrane Cytoskeleton Lysosome Endosome Peroxisome ER Golgi Apparatus Nucleus Mitochondrion 0 1 2 3 4 5 Confidence
  • 质膜
  • 细胞质
  • 细胞外
  • 高尔基体
  • 囊泡
  • 细胞骨架
  • 内质网
  • 细胞核
  • 内体
  • 溶酶体
  • 线粒体

SEMA4A基因的本体(GO)信息:

GO库代码
对应的蛋白质
来源代码
GO:0016021
Q5TCJ5 (UniProtKB)
IEA
GO:0001525
Q9H3S1 (UniProtKB)
IEA
GO:0001755
Q9H3S1 (UniProtKB)
IBA
GO:0005515
Q9H3S1 (UniProtKB)
IPI
GO:0005615
Q9H3S1 (UniProtKB)
IBA
GO:0005886
Q9H3S1 (UniProtKB)
IBA
GO:0005886
Q9H3S1 (UniProtKB)
TAS
GO:0007409
Q9H3S1 (UniProtKB)
IEA
GO:0008360
Q9H3S1 (UniProtKB)
IEA
GO:0010594
Q9H3S1 (UniProtKB)
IEA
GO:0016021
Q9H3S1 (UniProtKB)
IEA
GO:0016525
Q9H3S1 (UniProtKB)
IEA
GO:0030215
Q9H3S1 (UniProtKB)
IBA
GO:0030335
Q9H3S1 (UniProtKB)
IBA
GO:0045063
Q9H3S1 (UniProtKB)
IEA
GO:0045499
Q9H3S1 (UniProtKB)
IBA
GO:0048843
Q9H3S1 (UniProtKB)
IBA
GO:0050919
Q9H3S1 (UniProtKB)
IBA
GO:0071526
Q9H3S1 (UniProtKB)
IBA
GO:0038191
Q9H3S1 (UniProtKB)
IBA

可能调控 SEMA4A基因的相关microRNA:     

Reactome

MINT

BioGrid

IntAct

mentha

String

基因与其他基因之间的相互作用关系图
序号 作用方式 资源库来源/分值 基因名称 基因名称
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
CONE-ROD DYSTROPHY 10 0.36 1 2 CLINVAR_CTD_human_UNIPROT
RETINITIS PIGMENTOSA 35 0.36 1 3 CLINVAR_CTD_human_UNIPROT
Retinitis Pigmentosa 0.120271442 1 0 BeFree_ORPHANET
Retinal Diseases 0.002367032 1 0 GAD
Multiple Sclerosis 0.000542884 2 0 BeFree
Experimental Autoimmune Encephalomyelitis 0.000542884 2 0 BeFree
Retinal Degeneration 0.000542884 2 0 BeFree
Asthma 0.000271442 1 0 BeFree
Allergic asthma 0.000271442 1 0 BeFree
Disorder of eye 0.000271442 1 0 BeFree

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