SYF2 (SYF2 pre-mRNA splicing factor)

基因基本信息

基因基本信息

symbol:
SYF2
locus group:
protein-coding gene
location:
1p36.11
gene_family:
alias symbol:
p29|DKFZp564O2082|NTC31|fSAP29
alias name:
functional spliceosome-associated …
entrez id:
25949
ensembl gene id:
ENSG00000117614
ucsc gene id:
uc001bjt.2
refseq accession:
NM_015484
hgnc_id:
HGNC:19824
approved reserved:
2005-05-06

基因染色体位置

基因染色体位置

1p36.11
基因染色体位置图

基因简述

基因简述

SYF2（也称为CCDC55或P29）是一个保守的基因，编码一种参与前体mRNA剪接的蛋白质，属于剪接体复合物的组成部分。它在RNA剪接过程中发挥重要作用，确保mRNA的正确加工和成熟。SYF2通过与剪接体中的其他组分（如SF3B1和U2 snRNP）相互作用，参与识别剪接位点并促进内含子的切除。该基因的突变可能导致剪接异常，进而影响多种基因的表达，甚至引发疾病。研究表明，SYF2的异常表达与癌症（如乳腺癌和结直肠癌）的发生发展相关，其过表达可能促进肿瘤细胞的增殖和迁移，而表达降低则可能导致细胞周期阻滞或凋亡。SYF2属于SYF基因家族，该家族成员通常参与RNA代谢和剪接调控，具有保守的蛋白相互作用结构域。SYF2的功能缺失可能影响其他剪接相关基因的表达，导致广泛的转录组紊乱。此外，SYF2还与DNA损伤修复有关，其表达水平的变化可能影响细胞对基因毒应激的响应。在神经系统中，SYF2的表达异常可能与神经退行性疾病相关，但其具体机制仍需进一步研究。总的来说，SYF2是一个关键的剪接调控因子，其表达水平的平衡对维持细胞正常功能至关重要。

This gene encodes a nuclear protein that interacts with cyclin D-type binding-protein 1, which is thought to be a cell cycle regulator at the G1/S transition. Alternate transcriptional splice variants, encoding different isoforms, have been characterized. [provided by RefSeq, Jul 2008]

这个基因编码与细胞周期蛋白D型结合蛋白1，这被认为是在G1 / S转换的细胞周期调节相互作用的核蛋白质。备用转录剪接变体，编码不同同种型，已经表征。 [由RefSeq的，2008年7月提供]

OMIM数据库中对SYF2基因的介绍     Wikipedia数据库中对SYF2基因的介绍

基因序列

基因序列

SYF2基因的碱基序列：[NCBI]
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基因突变

基因突变

SYF2基因的碱基突变：           仅显示部分snp
rs9899       rs942988       rs1045554       rs6672228       rs6677236       rs7516417       rs9328945       rs9730597       rs10903036       rs11249004       rs11249005       rs11249007       rs11249008       rs11544664       rs11808119       rs11809414       rs12046939      

基因表达

基因表达

SYF2基因在不同组织中的表达：    [UniProt]

基因在不同组织中的表达图

基因引物

基因引物

正向引物序列
正向Tm值
反向引物序列
反向Tm值
评分
TATAGCTGCATCCGAGGTG
59
TTACGAGCTTCATTCCGCA
59
CTGATGCGGAATGAAGCTC
59
AGTTCCCACTCCAAACGAG
59
TATAGCTGCATCCGAGGTG
59
TAGTCTTCTCCTCTTGCCG
58
CTATAGCTGCATCCGAGGT
58
GAGCTTCATTCCGCATCAG
59
CTATAGCTGCATCCGAGGT
58
GGAATTTGCGCAGTCTCTG
59
CTGATGCGGAATGAAGCTC
59
TTTGGCTTCCCAATTTGCA
58
TATAGCTGCATCCGAGGTG
59
GGAATTTGCGCAGTCTCTG
59
TATAGCTGCATCCGAGGTG
59
GAGCTTCATTCCGCATCAG
59
CTGATGCGGAATGAAGCTC
59
TTGGCTTCCCAATTTGCAG
59

转录因子

转录因子

      尚未收录相关数据

基因本体信息

SYF2基因（以及对应的蛋白质）的细胞分布位置：

[UniProt]     [GenomeNet]

" d="M482.414,245.296c3.539,4.293,4.455,10.009,0.202,11 c-4.244,0.996-4.983-10.983-8.293-8.438c-5.271,4.08,9.834,12.271,5.144,17.287c-3.717,3.607-6.172-5.75-10.839-1.976 c-4.673,3.776,6.781,7.299,2.831,11.326c-4.354,4.045-6.979-1.449-9.837-5.517c-1.193-1.742-2.059-3.851-3.595-2.748 c-1.516,1.078-1.854,1.795-0.938,3.666c2.374,4.854,9.235,10.119,5.156,12.535c-5.636,3.346-5.044-8.871-9.426-7.574 c-4.388,1.291,2.557,10.66-1.245,11.141c-4.089,0.545-3.483-10.239-6.979-8.575c-2.522,1.206-0.929,3.071-0.938,4.899 c0.004,1.32-0.964,3.6-2.372,4.062c-3.593,1.171-8.544-1.065-10.251-3.59c-6.04-8.93,0.396-15.997,4.639-7.015 c3.023,4.642,5.182,0.834,2.839-2.219c-1.032-1.354-4.309-5.901-0.781-7.252c2.904-1.113,4.271,1.941,5.985,4.592 c2.61,4.016,5.485,0.117,3.031-3.414c-1.828-2.633-2.74-3.803,3.156-7.42c6.405-4.369,6.52,3.869,10.077,0.646 c2.309-1.832-4.783-5.149,0.06-8.995c2.896-2.293,5.18,6.207,7.961,3.516c3.523-2.737-7.717-7.369,0.117-11.736 C473.413,240.77,480.519,242.891,482.414,245.296z"/> Extracellular space Cytosol Plasma membrane Cytoskeleton Lysosome Endosome Peroxisome ER Golgi Apparatus Nucleus Mitochondrion 0 1 2 3 4 5 Confidence
  • 质膜
  • 细胞质
  • 细胞外
  • 高尔基体
  • 囊泡
  • 细胞骨架
  • 内质网
  • 细胞核
  • 内体
  • 溶酶体
  • 线粒体

SYF2基因的本体（GO）信息：

GO库代码
对应的蛋白质
来源代码
GO:0000398
O95926 (UniProtKB)
IBA
GO:0000398
O95926 (UniProtKB)
IC
GO:0000974
O95926 (UniProtKB)
IBA
GO:0001701
O95926 (UniProtKB)
IEA
GO:0005515
O95926 (UniProtKB)
IPI
GO:0005634
O95926 (UniProtKB)
IDA
GO:0005634
O95926 (UniProtKB)
NAS
GO:0007095
O95926 (UniProtKB)
IEA
GO:0007369
O95926 (UniProtKB)
IEA
GO:0008284
O95926 (UniProtKB)
IEA
GO:0044822
O95926 (UniProtKB)
IDA
GO:0044822
O95926 (UniProtKB)
IDA
GO:0048568
O95926 (UniProtKB)
IEA
GO:0071010
O95926 (UniProtKB)
IBA
GO:0071012
O95926 (UniProtKB)
IBA
GO:0071013
O95926 (UniProtKB)
IDA
GO:0071014
O95926 (UniProtKB)
IBA

基因相关microRNA

基因相关microRNA

可能调控 SYF2基因的相关microRNA：     

基因相互作用关系

基因相互作用关系

BioGrid

IntAct

mentha

String

基因与其他基因之间的相互作用关系图
序号 作用方式 资源库来源/分值 基因名称 基因名称

基因通路

基因通路

基因相关疾病

基因相关疾病

疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
疾病名称 关系值 NofPmids NofSnps 来源
Encephalitis 0.08 1 0 RGD
Fanconi Anemia 0.000542884 2 0 BeFree
FANCONI ANEMIA, COMPLEMENTATION GROUP A (disorder) 0.000542884 2 0 BeFree
Cystitis 0.000271442 1 0 BeFree
fanconi anemia complementation group g 0.000271442 1 0 BeFree
Carcinoma, Lewis Lung 0.000271442 1 0 BeFree
Glioblastoma 0.000271442 1 0 BeFree
Non-Small Cell Lung Carcinoma 0.000271442 1 0 BeFree
Glioma 0.000271442 1 0 BeFree
Melanoma, B16 0.000271442 1 0 BeFree

基因相关服务

基因相关服务

联系方式

山东省济南市章丘区文博路2号 齐鲁师范学院 genelibs生信实验室

山东省济南市高新区舜华路750号大学科技园北区F座4单元2楼

电话： 0531-88819269

E-mail: product@genelibs.com

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